Die Bibliothek besitzt eine Sammlung von rund 1000 neuzeitlichen Handschriften. Darunter finden sich Chroniken und Tagebücher des 16. und 17. Jahrhunderts.
Zu diesen gehört unter anderem das Tagebuch der Hildesheimer Bürgermeisterdynastie Brandis, das in mehreren zeitgenössischen und drei Abschriften des 19. Jahrhunderts aus der Zeit zwischen 1454 und 1661 berichtet. Das zweibändige Tagebuch des Hildesheimer Stadtarztes und Stadtarchivars Conrad Jordan beschreibt die Zeit des Dreißigjährigen Krieges. Seine Niederschrift von 1659 umfasst die Jahre 1625 bis 1659. Die älteste erhaltene Abschrift der Annalen des Hildesheimer Klerikers Johannes Oldecop von 1606 ist eine herausragende Quelle für die Reformationszeit, vor allem in Stadt und Region Hildesheim.
Zu diesen prominenten Werken tritt eine Fülle unterschiedlichen Materials wie beispielsweise Kopial- und Protokollbücher, Klostergeschichtsschreibung, kirchenrechtliche Abhandlungen, Profess-Urkunden, Inschriftensammlungen, Steuer- und Häuserlisten.
